Educación Secundaria es una etapa obligatoria que se inicia con 12 años cumplidos, después de Educación Primaria, y que siendo rigurosos llamamos EDUCACIÓN SECUNDARIA OBLIGATORIA (ESO), DERRIGORREZKO BIGARREN HEZKUNTZA (DBH) en euskera.
Son cuatro años de estudios en los que deben ir asentando los hábitos de estudio, entre los que destaca el trabajo personal, imprescindible para su adecuada progresión académica con vistas a estudios posteriores.
OPCIONALIDAD: Son cuatro en los que el alumnado cursa los mismos estudios, si bien debe elegir entre diversas materias opcionales y optativas pensando en su futuros títulos de Secundaria Postobligatoria (Bachillerato o Ciclos Formativos). Esta eleccción es progresiva, menos horas en primero y más en cuarto curso. Al final todos obtendrán el mismo título: Graduado en Secundaria.
DIVERSIDAD: Cuando un alumno/a tiene dificultades serias de progresión en su aprendizaje, se analiza la situación con el asesoramiento de los técnicos de Berritzegune y se propone la intervención necesaria para buscar el bien del alumno/a. Si es necesario se puede ofrecer a la familia la atención en un grupo adecuado para el caso, PREE (Proyectos de Refuerzo Educativo Específico) en 1º y 2º curso y DIVERSIFICACIÓN en 3º y 4º curso. Los alumnos que participan de este recurso, tienen igualmente opción de obtener el título de Graduado de Secundaria.